Terapeutické klonování se poněkud liší. Využívá schopnosti embryonálních kmenových buněk regenerovat orgány či tkáně. Je strategií buněčné terapie, která používá kmenové buňky k vytváření zdravých kopií buněk či tkání nemocného člověka. Původní genetický materiál kmenových buněk je nahrazen genetickým materiálem pacienta. Tak mohou výsledné modifikované kmenové buňky růst a být transplantovány, aby opravily poškozenou tkáň bez spuštění imunitní reakce. Při této strategii je vyjmuto jádro z vaječné buňky a nahrazeno jádrem buňky, která byla odebrána dospělému člověku (pacientovi). Modifikovaná kmenová buňka pak obsahuje genetický materiál pacienta. Buňka je stimulována k tomu, aby se množila a vytvořila embryo. Toto embryo není přeneseno do dělohy jako je tomu u reprodukčního klonování, ale slouží jako zdroj embryonálních kmenových buněk. Cílem je získat specializované buňky a tkáně, které jsou geneticky identické s pacientovými buňkami. Mezi potenciální lékařské aplikace patří léčba degenerativních onemocnění, jako je Parkinsonova choroba, mrtvice, poškození jater, diabetes, popáleniny a mnoho dalších. Klinické uplatnění terapeutického klonování je stále ještě daleko. Terapeutické klonování je předmětem vášnivých debat, protože během tohoto procesu vznikají a zanikají embrya, z čehož vyplývají etické problémy.