Enzymová aktivita je ovlivňována celou řadou faktorů, mezi které řadíme teplotu, pH, koncentraci substrátu/ů a přítomností aktivátorů či inhibitorů. Zpravidla platí, že se vzrůstající teplotou roste rychlost katalyzované reakce, pokud však teplota přesáhne kritickou mez (55–60 °C), dochází ke ztrátě aktivity způsobené denaturací proteinu. Většina enzymů je aktivních jen v úzkém rozpětí pH a to většinou v neutrálním či slabě kyselém prostředí (výjimkou jsou žaludeční proteasy). Enzymovou aktivitu lze ovlivnit též aktivátory – látky stimulující aktivitu enzymu (např. ionty kovů) nebo inhibitory – látky snižující aktivitu enzymu. Podle mechanismu působení inhibitorů rozlišujeme několik typů enzymové inhibice. Základní rozdělení je na inhibici nevratnou (ireverzibilní) a vratnou (reverzibilní).