Přes vodou naplněné póry plazmatické membrány mohou filtrací prostupovat pouze polární nízkomolekulární léčiva (rozpustná ve vodě). Léčivo přes póry proniká spolu s vodou vlivem rozdílu mezi hydrostatickým a osmotickým tlakem na obou stranách membrány (např. vylučování léčiv glomerulární filtrací). Nejvýznamněji se filtrace uplatňuje při intramuskulárním podání léčiva, které proniká přes póry endotelu vlásečnic zásobujících sval.